Bavarian Genomes

 

Das Projekt „1000 Klinische Genome“ gründet auf einer Vernetzung der Zentren für Seltene Erkrankungen in Bayern und hat das Ziel, ursächliche Sequenzvarianten im Genom von mindestens 1.000 Patienten mit einer seltenen Erkrankung aber genetisch unklarer Diagnose zu identifizieren. Die Bestimmung von DNA- und RNA-Sequenzen wird in einem zentralen Labor auf dem neuesten technischen Stand der Genomsequenzierung durchgeführt. Die Berechnung und Speicherung der Daten erfolgt ebenso zentral am Leibniz-Rechenzentrum. Ärzte und Patienten an den Zentren erhalten einen netzbasierten, kontrollierten Zugang für eine dezentrale Auswertung und Interpretation. Das Projekt verbessert die Versorgung von Patienten mit Seltenen Erkrankungen und schafft Kristallisationspunkte für die Erforschung neuer Behandlungsstrategien.

Die Auswahl von 1.000 nicht-diagnostizierten Patienten mit Seltenen Erkrankungen erfolgt an den Zentren für Seltene Erkrankungen in München, Regensburg, Erlangen und Würzburg über einen Zeitraum von 3 Jahren (2018-2021). Ablauf von Probenversand und Rücksendung der erhobenen Daten wird von allen teilnehmenden Zentren besprochen und konsentiert. Alle vier Standorte verfügen bereits über Erfahrungen mit Exom-Analysen, die nur kodierende Anteile des Genoms untersuchen. Die Analyse der Daten im Projekt „1000 Klinische Genome“ wird jetzt erweitert auf die Untersuchung vollständiger Sequenzen, sowohl der kodierenden als auch der nicht-kodierenden Anteile des Genoms. Dies entspricht quantitativ einer Steigerung des Sequenzieraufwands um mehr als eine Größenordnung. Auf einer zentralen Datenbank am LRZ in Garching werden Genomdaten und eine Auswahl an Phänotypdaten gespeichert und kontrolliert für die fünf beteiligten Zentren zur Verfügung gestellt.

Die Genomanalyse erfolgt in vier Schritten. Zuerst erstellt ein klinisches Team eine Synopse des bisherigen Krankheitsverlaufes eines Patienten. Nach Asservierung der Bioproben wird eine Sequenzierung des gesamten Genoms und des Transkriptoms des Patienten-DNA und RNA auf der zentralen Sequenzierplattform in München durchgeführt. Diese wurde im Jahr 2016 gemeinsam von den Münchener Universitäten LMU und TU sowie Max-Planck-Institut für Psychiatrie und Helmholtz Zentrum geschaffen. Darauf erfolgt eine Zuordnung von Genotyp (DNA-Sequenzvarianz) und Phänotyp (klinische Zeichen und Symptome) an den einzelnen Zentren durch die lokalen Analyse-Teams mit Online-Zugriff auf die zentrale Datenbank für Genotypen und Phänotypen. Eine Analysepipeline mit Zugriff auf eine zentrale Exom-Datenbank ist bereits etabliert und wird für das Projekt zum Einsatz kommen und allen ZSEs zur Verfügung stehen. Die zentrale Datenbank ermöglicht sowohl gemeinsame Auswertungen auf der Basis aller aufgezeichneten Datensätze als auch dezentrale Analysen der jeweiligen Genom- und Transkriptionssequenzen eines Standorts. In einem letzten Schritt wird ein Genombefund und eine Diagnose bzw. Therapieempfehlung erstellt.

 

Kontakt:

Leitung
Prof. Dr. Thomas Meitinger
Tel. 089 / 4140-6381
E-Mail: sekretariat.ihg@mri.tum.de

Institut für Humangenetik
Klinikum rechts der Isar
Technische Universität München
Trogerstraße 32
81675 München


Weitere Inforamtionen:

www.bavarian-genomes.de


gefördert durch: